Ochrona wód stanowi przedmiot szczególnej troski inwestora, ponieważ technologia stosowana w górnictwie odkrywkowym wywiera wpływ na otaczające środowisko wodne.
Przed rozpoczęciem eksploatacji, ze względu na bezpieczeństwo ludzi oraz maszyn pracujących w wyrobisku, należy odwodnić złoże. Wymaga to odprowadzenia znacznych ilości wód podziemnych i powierzchniowych. Wody pochodzące z odwodnienia odkrywki są odprowadzane rowami odwadniającymi i kierowane do okolicznych cieków – kanałów i rzek. Prowadzenie takiej działalności jest możliwe po otrzymaniu pozwoleń wodnoprawnych; PAK KWB Konin dysponuje niezbędnymi pozwoleniami i przestrzega wszystkich nakładanych na nią warunków i wymagań.
W kopalni Konin, podobnie jak w innych zakładach górnictwa węgla brunatnego, stosowany jest system odwodnienia studziennego oraz powierzchniowego. Pierwszy z nich polega na wierceniu studni głębinowych wzdłuż krawędzi odkrywek oraz na przedpolu eksploatacji. Pompowane za pomocą studni wody podziemne stanowią około 75 procent odprowadzanych wód. Są to tzw. wody czyste, które nie wymagają dalszego oczyszczania i zostają skierowane bezpośrednio lub poprzez rurociągi do rowów odwadniających, skąd następnie trafiają do kanałów i rzek.
Około 25 procent odprowadzanych wód stanowią wody „brudne”, których źródłem są spływające wody opadowe oraz wypływające wody podziemne, są one zatem zanieczyszczone zawiesiną węglową lub ilastą. Oczyszczanie tych wód odbywa się w terenowych osadnikach ziemnych, przy wykorzystaniu procesu sedymentacji zawiesin mineralnych. Oczyszczone w ten sposób wody, już jako czyste wody nadosadowe, są odprowadzane na zewnątrz za pomocą systemu rurociągów lub rowów do cieków powierzchniowych.
Odbiornikami wód kopalnianych są dwie rzeki, Warta i Noteć, oraz jeziora znajdujące się w obiegu chłodniczym elektrowni Pątnów i Konin, część wód trafia także do okolicznych jezior.
Wpływ odwodnienia złoża na środowisko, zwłaszcza wodne, podlega wszechstronnemu monitoringowi. W jego ramach prowadzone są regularne obserwacje i dokonywane pomiary za pomocą sieci piezometrów, wykonywane są także pomiary przepływu w naturalnych ciekach wodnych. Jakość odprowadzanych wód kontrolują wojewódzkie służby ochrony środowiska. Badania wykonywane są w sposób systematyczny, wyniki kontroli wskazują, że jakość odprowadzanej wody jest zgodna z obowiązującymi normami, nie występują przekroczenia żadnych parametrów.
Monitorowany jest także wpływ odwodnienia złoża na produktywność gleb w rejonie oddziaływania odkrywki, w tym celu wykonywane są badania gleboznawcze przed rozpoczęciem odwodnienia i udostępnieniem złoża oraz w czasie jego eksploatacji.
Roboty górnicze prowadzone na odkrywce mogą powodować mechaniczne zanieczyszczenie powietrza. Podczas wykonywania tych zadań powstaje tzw. emisja niezorganizowana pyłu. Jej źródłem jest proces zdejmowania i zwałowania nadkładu, urabiania węgla, a także załadunku i transportu surowca. Emisja niezorganizowana może powstać także na skutek erozji wietrznej na niezrekultywowanych jeszcze zwałowiskach i skarpach. Ten rodzaj emisji pyłu występuje jedynie podczas skrajnie niekorzystnych warunków, kiedy silnym wiatrom towarzyszy długotrwały brak opadów atmosferycznych. Zasięg emisji niezorganizowanej sięga maksymalnie 200 m od źródła.
Kopalnia Konin uzyskała wymagane prawem decyzje ustalające dopuszczalną emisję zanieczyszczeń do powietrza i na bieżąco przestrzega ich postanowień. Na wybranych lokalizacjach cyklicznie przez cały rok prowadzone są pomiary opadu pyłu; badania te prowadzi akredytowane laboratorium, a uzyskane wyniki przekazywane są instytucjom ochrony środowiska oraz lokalnym władzom.
Praca maszyn podstawowych – koparek i zwałowarek – oraz sprzętu pomocniczego w wyrobisku górniczym, może stanowić źródło hałasu. Uciążliwość hałasową powodują także urządzenia wykorzystywane do transportu urobku. Hałas występuje w odległości średnio od kilku do kilkuset metrów od wyrobisk górniczych, ponieważ jednak obszary otaczające odkrywkę są często pozbawione zabudowy mieszkalnej, problem występowania hałasu nie ma intensywnego charakteru, a wraz z przesuwaniem się wyrobiska górniczego po pewnym czasie zanika.
Zgodnie z obowiązującym prawem co dwa lata w wyznaczonych punktach prowadzone są pomiary emisji hałasu.